L’eau est une ressource précieuse. Elle est indispensable à la vie sur terre. Pourtant, les sources de pollution de l’eau sont malheureusement nombreuses. On parle de pollution quand la qualité de l’eau est altérée.
Elle peut l’être par la présence de déchets, comme les déchets plastiques dont on entend beaucoup parler, par des rejets chimiques dans l’océan ou encore par la présence de bactéries, virus ou parasites qui ne devraient pas s’y trouver et qui peuvent causer des maladies. C’est ce dernier point que l’on appelle pollution microbiologique ou bactériologique.
D’où vient la pollution microbiologique ?
Les bactéries, virus et parasites qui polluent l’eau, généralement de manière épisodique, proviennent surtout des excréments humains ou animaux et d’autres matières organiques présentes dans l’eau.
Mais comment ces agents pathogènes (susceptibles de causer des maladies) se retrouvent-ils dans l’océan et les cours d’eau ?
C’est principalement par l’écoulement des eaux usées non traitées que cette contamination se fait. Avec, au passage, souvent une pollution chimique — mais ça, c’est une autre histoire dont on te parle ici (lien vers contenu sur la pollution chimique).
- Les eaux usées, ce sont les eaux « souillées » provenant de nos toilettes, douches et lavabos qui contiennent de la matière fécale ou des déchets organiques comme de la graisse. Si une habitation n’est pas raccordée ou mal raccordée au réseau d’assainissement collectif, les eaux contaminées vont finir directement dans la nature, et s’écouler jusque dans les cours d’eau ou jusqu’à l’océan.
- Normalement, les eaux « souillées » de nos toilettes, douches et lavabos sont d’abord collectées et traitées par les stations d’épuration avant d’être rejetées dans le milieu naturel. Ces eaux sont filtrées, mais certains parasites résistent aux traitements utilisés par les stations d’épuration. Par ailleurs, en cas de fortes pluies, il arrive que les stations d’épuration débordent sans que l’eau ait été complètement traitée. Ces eaux riches en bactéries, virus ou parasites vont alors s’écouler jusqu’aux cours d’eau puis jusqu’à l’océan, recueillant au passage d’autres polluants en ruisselant le long de surfaces souillées.
- Les bateaux de plaisance ou de croisière peuvent aussi être à l’origine d’une pollution microbiologique si leurs passagers déversent illégalement leurs eaux usées directement dans l’océan.

Les excréments des animaux peuvent aussi provoquer une pollution microbiologique. Cela peut être le cas lorsque des agriculteurs utilisent beaucoup de fumier pour leurs récoltes ou ont d’importants élevages. Les matières fécales peuvent contaminer le sol ou ruisseler jusqu’aux milieux aquatiques.
L’urbanisation et l’artificialisation des côtes favorisent aussi la pollution des eaux. Dans un milieu naturel, la pluie est partiellement absorbée et filtrée par le sol et les plantes. Mais avec la bétonnisation, les sols deviennent imperméables et les eaux de ruissellement, chargées en polluants, s’écoulent jusqu’à l’océan.
Selon un classement effectué par l’association « Eaux et rivières de Bretagne » le 24 mai 2024, une plage sur cinq serait régulièrement polluée par des bactéries [1].
Quelles conséquences sur l’Homme et l’Environnement ?
La présence dans l’eau de certaines bactéries, virus ou parasites n’est pas sans conséquences.
Sur la santé, d’abord, des baigneurs et des pratiquants d’activités nautiques, comme les surfeurs ou plongeurs, qui restent parfois plusieurs heures dans l’eau. Ces micro-organismes, invisibles à l’œil nu, peuvent causer des maladies, par simple contact avec l’eau, ingestion ou inhalation. Parmi elles : la gastro-entérite, l’otite, la conjonctivite, des infections cutanées ou des maladies plus graves, comme la salmonellose ou le choléra, dans des eaux très polluées.
La consommation de poissons, de mollusques comme les huîtres, ou de crustacés peut aussi représenter un risque pour les humains, car les polluants peuvent s’accumuler dans les tissus de ces organismes aquatiques.

L’environnement des milieux aquatiques est aussi impacté par la pollution microbiologique. Les matières organiques, dont les matières fécales, en arrivant dans l’eau, vont être dégradées par les micro-organismes. Ce phénomène biologique consomme beaucoup d’oxygène. Ainsi, si trop de matières organiques se trouvent dans le milieu aquatique, cela peut engendrer une baisse notable de la quantité d’oxygène dans l’eau.
L’oxygène est pourtant indispensable à la survie de la faune et de la flore marines. Quand il n’y a plus assez d’oxygène dans l’eau pour assurer la survie des êtres vivants qui s’y trouvent, on parle d’hypoxie. L’hypoxie peut être causée par une trop forte présence de matières organiques dans l’eau, mais aussi par d’autres facteurs comme l’augmentation de la température de l’eau ou sa stagnation.
La pollution microbiologique a également des conséquences économiques, en particulier dans le secteur du tourisme. Les interdictions de baignade consécutives à une pollution de l’eau ont des répercussions sur la fréquentation des plages. Par ricochet, les commerces, restaurants et hôtels des alentours vont avoir moins de clients, donc moins de revenus, ce qui peut les mettre en difficulté.
Les professionnels de l’ostréiculture peuvent aussi être lourdement impactés. Pour éviter la propagation de maladies, les autorités peuvent interdire temporairement la vente d’huîtres ou autres poissons et crustacés susceptibles d’être contaminés, et donc de transmettre des maladies aux consommateurs.
Quel que soit le type de pollution, l’appauvrissement d’un milieu naturel engendre une baisse de son attractivité. C’est donc dans l’intérêt de chacun de le préserver.
Que peut-on faire face à la pollution microbiologique ?
Les mesures actuelles : peut mieux faire !
Pour éviter la propagation de maladies, la qualité de l’eau est surveillée par les autorités sur de nombreux sites de baignade, en particulier pendant la période estivale. Quand un drapeau violet est érigé, cela signifie que la baignade est interdite en raison de la pollution de l’eau. En France, la qualité des eaux de baignade est répertoriée sur une carte interactive mise en ligne par le ministère en charge de la santé[1]. Les communes et agglomérations, accompagnées par les Agences Régionales de Santé (ARS), assurent cette surveillance.
Aujourd’hui, ce sont principalement des analyses bactériologiques qui sont réalisées. La directive européenne sur les eaux de baignade impose aux États membres de surveiller la présence de certaines bactéries (entérocoques, Escherichia coli) issues de la matière fécale, selon des seuils précis. (La première directive européenne sur la qualité des eaux de baignade date de 1976.)

Les marges d’amélioration : Mieux mesurer la pollution
D’autres directives s’intéressent aussi à la qualité de l’eau, notamment à la pollution chimique. Mais pour Surfrider Foundation, comme pour de nombreuses autres associations environnementales, ces mesures sont insuffisantes ou manquent de clarté. Ces acteurs œuvrent donc auprès des instances de l’Union Européenne pour faire changer la législation et imposer des obligations plus poussées aux États-membres. En effet, la surveillance actuelle n’est pas suffisante pour plusieurs raisons.

- Tout d’abord parce que les analyses ne sont effectuées que pendant la période estivale dans la plupart des pays, notamment en France. La qualité de l’eau devrait être surveillée toute l’année pour éviter les conséquences sur l’environnement et les baigneurs.
- Seuls les spots de baignade identifiés par les communes font l’objet d’un suivi.
- Ce suivi est incomplet. Certaines formes de pollution ne sont pas analysées, comme la pollution chimique ou la prolifération d’algues toxiques, telles qu’Ostreopsis ovata, apparue récemment sur la côte Atlantique. La présence de déchets dans l’eau n’est pas non plus prise en compte dans les décisions d’interdiction de baignade. Et pour ce qui est des bactéries ou autres agents pathogènes, l’utilisation de seulement deux indicateurs (entérocoques et Escherichia coli) reste insuffisante.
- Enfin, les usagers sont peu informés sur la qualité de l’eau et les modalités de surveillance, qui varient d’une collectivité à l’autre.